故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

　　萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。　　相同，谜亚星却

　　一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会

　　以原創音樂為主軸的音樂選秀節目。 鼓勵音樂創作者找回他們最原始的初衷，以自己的風格、自己的語言與文化，來完成他們獨樹一格的天然創作，讓這些被埋沒的原創音樂推手，得以重獲他們應得的尊敬與光采。